График скрипки ggplot2 не в порядке, как в наборе данных по оси x

По умолчанию ggplot2 отображает векторы символов в алфавитном порядке. Чтобы разместить указанный порядок на вашем графике, просто используйте dplyr и создайте столбец как factor() и укажите желаемые уровни. Затем ggplot2 должен построить его так, как вы хотите.

Редактировать №1 Один из способов — изменить фрейм данных df1 отдельно от вашей строки команд ggplot2. Вы можете сделать это как

df1 <- df1 %>%
  mutate( Model=factor(Model,levels=c("Observed", "SVM", "Grid_SVM", "MARS", "Grid_Mars", "RF", "Grid_RF")) )

А затем вызовите свою строку команд ggplot2, как вы написали выше.

Редактировать №2 (из комментариев ниже)

Если вы хотите передать все и сделать все за один раз, попробуйте

df1 %>%
  mutate( Model=factor(Model,levels=c("Observed", "SVM", "Grid_SVM", "MARS", "Grid_Mars", "RF", "Grid_RF")) ) %>%
  ggplot( aes(x = Model, y = Pb), cex.lab = 18, cex.axis=18) +
  geom_violin(trim=FALSE, fill = "palegreen") +
  geom_boxplot(width = .12, fill = "orange", outlier.color = "orange", outlier.size = 2) + 
  labs(title = "Pb Adsorption distribution by Models over testing phase") + xlab("Models") + ylab("Pb Adsorption distribution")+ theme_classic() +
  theme(
  plot.title = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"), #for Main Title
  axis.title.x = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"), #for axix title
  axis.title.y = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"),
  axis.text.x = element_text(face="bold", color="darkblue", size=12, angle=0), #for axis tick
  axis.text.y = element_text(face="bold", color="black", size=12, angle=0))

Первоначальное предложение состояло в том, чтобы перезаписать данные. Затем сгенерируйте сюжет в новой цепочке.

df1 <- df1 %>%
  mutate( Model=factor(Model,levels=c("Observed", "SVM", "Grid_SVM", "MARS", "Grid_Mars", "RF", "Grid_RF")) )

ggplot( df1, aes(x = Model, y = Pb), cex.lab = 18, cex.axis=18) +
  geom_violin(trim=FALSE, fill = "palegreen") +
  geom_boxplot(width = .12, fill = "orange", outlier.color = "orange", outlier.size = 2) + 
  labs(title = "Pb Adsorption distribution by Models over testing phase") + xlab("Models") + ylab("Pb Adsorption distribution")+ theme_classic() +
  theme(
  plot.title = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"), #for Main Title
  axis.title.x = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"), #for axix title
  axis.title.y = element_text(size = 12, colour = "black", face = "bold"),
  axis.text.x = element_text(face="bold", color="darkblue", size=12, angle=0), #for axis tick
  axis.text.y = element_text(face="bold", color="black", size=12, angle=0))

Любой из вышеперечисленных будет работать.