Сгруппируйте элементы в списке списков во вложенный словарь

Что касается "Ключи должны быть упорядочены в соответствии с внешним и внутренним списками ключей" - имейте в виду, что словари являются неупорядоченными структурами данных.
OrderedDict объект является альтернативой.

from collections import OrderedDict
import pprint

input_list = [
    ["4YBB|1|AA|A|262", "4YBB|1|AA|A|263", "s35"],
    ["4YBB|1|AA|U|261", "4YBB|1|AA|A|263", "tSH", ],
    ["4YBB|1|AA|U|261", "4YBB|1|AA|C|264", "ntSH", "s55"],
    ["4YBB|1|AA|G|259", "4YBB|1|AA|C|267", "cWW"],
    ["4WOI|1|DA|A|262", "4WOI|1|DA|A|263", "s35", "cWW"],
    ["4WOI|1|DA|C|264", "4WOI|1|DA|G|265", "s35"]
]

outer_keys = ["4YBB|1|AA", "4WOI|1|DA"]
inner_keys = [(259, 267), (259, 260), (260, 261), (260, 265), (260, 267),
             (261, 263), (261, 264), (262, 263), (264, 265), (265, 267)]

# prepopulated dict indexed by `outer_keys` and 
# containing OrderedDicts with default values for `inner_keys`  
pw_info = {k: OrderedDict({t: '-' for t in inner_keys}) for k in outer_keys}

for sub_lst in input_list:
    # extract starting slice from first 2 items (like `4YBB|1|AA`)
    k0, k1 = sub_lst[0][:9], sub_lst[1][:9]
    # check if 2 slices are equal and contained in `pw_info` dict (i.e. `outer_keys`)
    if k0 == k1 and k0 in pw_info:
        v1, v2 = sub_lst[0], sub_lst[1]
        # `sub_key` is aimed to be a key for inner dict of the predefined `pw_info` dict
        # thus it's composed as a tuple of trailing numbers of the first 2 items
        # in sub_list (ex. `(262, 263)`)
        sub_key = (int(v1[v1.rfind('|')+1:]), int(v2[v2.rfind('|')+1:]))
        pw_info[k0][sub_key] = sub_lst[2] if len(sub_lst) == 3 else ';'.join(sub_lst[2:])

pprint.pprint(pw_info)

Выход:

{'4WOI|1|DA': OrderedDict([((259, 267), '-'),
                           ((259, 260), '-'),
                           ((260, 261), '-'),
                           ((260, 265), '-'),
                           ((260, 267), '-'),
                           ((261, 263), '-'),
                           ((261, 264), '-'),
                           ((262, 263), 's35;cWW'),
                           ((264, 265), 's35'),
                           ((265, 267), '-')]),
 '4YBB|1|AA': OrderedDict([((259, 267), 'cWW'),
                           ((259, 260), '-'),
                           ((260, 261), '-'),
                           ((260, 265), '-'),
                           ((260, 267), '-'),
                           ((261, 263), 'tSH'),
                           ((261, 264), 'ntSH;s55'),
                           ((262, 263), 's35'),
                           ((264, 265), '-'),
                           ((265, 267), '-')])}