Добавьте эффекты, например всплывающая подсказка к одной (большой) сюжетной таблице?

Если я правильно понимаю, ваша проблема с этим решением заключается в том, что в приложении отображаются обе таблицы - та, которую вы хотите показать, и та, которая содержит всплывающие подсказки. В этом случае решение вашей проблемы состоит в том, чтобы использовать точно такой же подход, но просто скрыть таблицу с содержимым всплывающей подсказки. Адаптированный код с вашими данными ниже:

library(shiny)
library(DT)

shinyApp(

  ui = fluidPage(

    shiny::tags$head(shiny::tags$style(HTML("
                                            #tableWithHoverData {
                                            visibility: hidden;
                                            height: 1px !important;
                                            }
                                            #tableWithHoverData * {
                                            visibility: hidden;
                                            height: 1px !important;
                                            }
                                            "))
    ),

    dataTableOutput('mytable'),
    dataTableOutput('tableWithHoverData'),
    p("Text below table, 'tableWithHoverData' does not occupy space")
    ),

  server = function(session, input, output) {

    SeqName<-c("1", "2", "3", "4", "5", "6")
    Length<-c("440", "511", "1087", "686", "867", "632")
    Cys<-c("3", "2", "2", "2", "2", "4")
    NT<-c("[NA]", "[B]", "[B]", "[B]", "[B]", "[B]")
    NR<-c("[NA]", "[B][M]", "[B]", "[B][M]", "[B][M]", "[NA]")
    RefSeq<-c("[NA]", "[B][M]", "[B]", "[B][M]", "[B][M]", "[NA]")

    table_show <- data.frame(SeqName, Length, Cys, NT, NR, RefSeq)

    NT_info<-c("---NA---", "Solenopsis invicta uncharacterized LOC105206585 (LOC105206585) mRNA", "Pogonomyrmex barbatus glucose transporter type 1 (LOC105425888) transcript variant mRNA", "Solenopsis invicta RNA-directed DNA polymerase from mobile element jockey-like (LOC105204251) mRNA", "Solenopsis invicta uncharacterized LOC105205677 (LOC105205677) mRNA", "Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-103J14 in linkage group complete sequence")
    NR_info<-c("---NA---", "PREDICTED: uncharacterized protein LOC105206585, partial", "glucose transporter type 1 isoform X7", "RNA-directed DNA polymerase from mobile element jockey-like", "rna-directed dna polymerase from mobile element jockey", "---NA---")
    RefSeq_info<-c("---NA---", "---NA---", "GTR1_DROME Glucose transporter type 1 OS=Drosophila melanogaster GN=Glut1 PE=2 SV=4", "---NA---", "---NA---", "---NA---")   

    # for columns where you don't want hover, add NAs
    table_tooltip <- data.frame(rep(NA, 6), rep(NA, 6), rep(NA, 6), NT_info, NR_info, RefSeq_info)

    observeEvent(input$hoveredCellInfo, {
      info <- input$hoveredCellInfo
      content <- as.character(table2[info$row, info$column])
    })

    output$mytable <- renderDataTable({
      datatable(table_show, rownames = F,
                callback = JS("
                              table.on('mouseenter', 'tbody td', function() {
                              var column = $(this).index();
                              var hover_row = $(this).parent().index();
                              var correct_row = $('#mytable').find('tbody tr').eq(hover_row).children().first().text() - 1;

                              var dataFromOtherTable = $('#tableWithHoverData').find('tbody tr').eq(correct_row).find('td').eq(column).text();

                              this.setAttribute('title', dataFromOtherTable);
                              });

                              return table;
                              ")
                )
  })

    output$tableWithHoverData <- renderDataTable({
      datatable(table_tooltip, rownames = F)
    })
  }
      )

Вы также можете поместить CSS с кодом, чтобы скрыть «таблицу всплывающих подсказок» в отдельный файл, см. здесь.