Два вопроса, ответ на общий поможет мне понять, насколько минимально я могу сделать MVCE.
1) Как узнать, что WrappedArray нужно зарегистрировать заранее (и любой другой класс в Scala, который я мог бы использовать)? Нормально ли регистрировать классы из библиотек в Kryo?
и конкретный:
2) Как это исправить? (Готов признать, что у меня может быть что-то еще странное, если я отражаю здесь ложную ошибку, так что не убивайте себя, пытаясь воспроизвести это)
ДЕТАЛИ
Тестирование программы Spark на Java с использованием наших пользовательских классов, связанных с генетикой и статистикой, на Spark 1.4.1, Scala 2.11.5 со следующими настройками в SparkConf:
// for kyro serializer it wants to register all classes that need to be serialized
Class[] kryoClassArray = new Class[]{DropResult.class, DropEvaluation.class, PrintHetSharing.class};
SparkConf sparkConf = new SparkConf().setAppName("PipeLinkageData")
<SNIP other settings to declare master>
.set("spark.serializer", "org.apache.spark.serializer.KryoSerializer")
//require registration of all classes with Kryo
.set("spark.kryo.registrationRequired", "true")
.registerKryoClasses(kryoClassArray);
Получение этой ошибки (повторяется в конце длинного списка ошибок):
Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: Class is not
registered: scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef Note: To
register this class use:
kryo.register(scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef.class);
Но я никогда не вызываю этот класс из своего кода. Я могу добавить scala.collection.mutable.WrappedArray в kryoClassArray, но это не решит проблему. Если я добавлю scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef.class (как предложено в ошибке), это синтаксическая ошибка, я вижу, что не могу объявить здесь анонимную функцию?
MVCE: я запустил MVCE, но проблема в том, что для этого с нашими классами требуются внешние библиотеки и текстовые файлы/файлы данных. Как только я уберу наши классы, у меня не будет проблемы. Если бы кто-то мог ответить на общий вопрос, это могло бы помочь мне понять, какую часть MVCE я могу придумать.
Пока я пишу этот вопрос, я получил добро на обновление до 1.5.2, посмотрю, есть ли там какие-либо изменения, и обновлю вопрос, если да.
Если не считать MVCE, вот мои объявления классов:
public class MVCEPipeLinkageInterface extends LinkageInterface implements Serializable {
class PrintHetSharing implements VoidFunction<DropResult> {
class SparkDoDrop implements Function<Integer, Integer> {
Полные ошибки:
16/01/08 10:54:54 INFO TaskSchedulerImpl: Adding task set 0.0 with 2 tasks
16/01/08 10:54:55 INFO SparkDeploySchedulerBackend: Registered executor: AkkaRpcEndpointRef(Actor[akka.tcp://[email protected]:55646/user/Executor#214759698]) with ID 0
16/01/08 10:54:55 ERROR TaskSetManager: Failed to serialize task 0, not attempting to retry it.
java.io.IOException: java.lang.IllegalArgumentException: Class is not registered: scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef
Note: To register this class use: kryo.register(scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef.class);
at org.apache.spark.util.Utils$.tryOrIOException(Utils.scala:1242)
at org.apache.spark.rdd.ParallelCollectionPartition.writeObject(ParallelCollectionRDD.scala:51)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:483)
at java.io.ObjectStreamClass.invokeWriteObject(ObjectStreamClass.java:988)
at java.io.ObjectOutputStream.writeSerialData(ObjectOutputStream.java:1496)
at java.io.ObjectOutputStream.writeOrdinaryObject(ObjectOutputStream.java:1432)
at java.io.ObjectOutputStream.writeObject0(ObjectOutputStream.java:1178)
at java.io.ObjectOutputStream.defaultWriteFields(ObjectOutputStream.java:1548)
at java.io.ObjectOutputStream.writeSerialData(ObjectOutputStream.java:1509)
at java.io.ObjectOutputStream.writeOrdinaryObject(ObjectOutputStream.java:1432)
at java.io.ObjectOutputStream.writeObject0(ObjectOutputStream.java:1178)
at java.io.ObjectOutputStream.writeObject(ObjectOutputStream.java:348)
at org.apache.spark.serializer.JavaSerializationStream.writeObject(JavaSerializer.scala:44)
at org.apache.spark.serializer.JavaSerializerInstance.serialize(JavaSerializer.scala:81)
at org.apache.spark.scheduler.Task$.serializeWithDependencies(Task.scala:168)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSetManager.resourceOffer(TaskSetManager.scala:467)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl$$anonfun$org$apache$spark$scheduler$TaskSchedulerImpl$$resourceOfferSingleTaskSet$1.apply$mcVI$sp(TaskSchedulerImpl.scala:231)
at scala.collection.immutable.Range.foreach$mVc$sp(Range.scala:141)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl.org$apache$spark$scheduler$TaskSchedulerImpl$$resourceOfferSingleTaskSet(TaskSchedulerImpl.scala:226)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl$$anonfun$resourceOffers$3$$anonfun$apply$6.apply(TaskSchedulerImpl.scala:295)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl$$anonfun$resourceOffers$3$$anonfun$apply$6.apply(TaskSchedulerImpl.scala:293)
at scala.collection.IndexedSeqOptimized$class.foreach(IndexedSeqOptimized.scala:33)
at scala.collection.mutable.ArrayOps$ofRef.foreach(ArrayOps.scala:108)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl$$anonfun$resourceOffers$3.apply(TaskSchedulerImpl.scala:293)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl$$anonfun$resourceOffers$3.apply(TaskSchedulerImpl.scala:293)
at scala.collection.mutable.ResizableArray$class.foreach(ResizableArray.scala:59)
at scala.collection.mutable.ArrayBuffer.foreach(ArrayBuffer.scala:47)
at org.apache.spark.scheduler.TaskSchedulerImpl.resourceOffers(TaskSchedulerImpl.scala:293)
at org.apache.spark.scheduler.cluster.CoarseGrainedSchedulerBackend$DriverEndpoint.makeOffers(CoarseGrainedSchedulerBackend.scala:167)
at org.apache.spark.scheduler.cluster.CoarseGrainedSchedulerBackend$DriverEndpoint$$anonfun$receiveAndReply$1.applyOrElse(CoarseGrainedSchedulerBackend.scala:143)
at org.apache.spark.rpc.akka.AkkaRpcEnv.org$apache$spark$rpc$akka$AkkaRpcEnv$$processMessage(AkkaRpcEnv.scala:178)
at org.apache.spark.rpc.akka.AkkaRpcEnv$$anonfun$actorRef$lzycompute$1$1$$anon$1$$anonfun$receiveWithLogging$1$$anonfun$applyOrElse$4.apply$mcV$sp(AkkaRpcEnv.scala:127)
at org.apache.spark.rpc.akka.AkkaRpcEnv.org$apache$spark$rpc$akka$AkkaRpcEnv$$safelyCall(AkkaRpcEnv.scala:198)
at org.apache.spark.rpc.akka.AkkaRpcEnv$$anonfun$actorRef$lzycompute$1$1$$anon$1$$anonfun$receiveWithLogging$1.applyOrElse(AkkaRpcEnv.scala:126)
at scala.runtime.AbstractPartialFunction$mcVL$sp.apply$mcVL$sp(AbstractPartialFunction.scala:33)
at scala.runtime.AbstractPartialFunction$mcVL$sp.apply(AbstractPartialFunction.scala:33)
at scala.runtime.AbstractPartialFunction$mcVL$sp.apply(AbstractPartialFunction.scala:25)
at org.apache.spark.util.ActorLogReceive$$anon$1.apply(ActorLogReceive.scala:59)
at org.apache.spark.util.ActorLogReceive$$anon$1.apply(ActorLogReceive.scala:42)
at scala.PartialFunction$class.applyOrElse(PartialFunction.scala:118)
at org.apache.spark.util.ActorLogReceive$$anon$1.applyOrElse(ActorLogReceive.scala:42)
at akka.actor.Actor$class.aroundReceive(Actor.scala:465)
at org.apache.spark.rpc.akka.AkkaRpcEnv$$anonfun$actorRef$lzycompute$1$1$$anon$1.aroundReceive(AkkaRpcEnv.scala:93)
at akka.actor.ActorCell.receiveMessage(ActorCell.scala:516)
at akka.actor.ActorCell.invoke(ActorCell.scala:487)
at akka.dispatch.Mailbox.processMailbox(Mailbox.scala:238)
at akka.dispatch.Mailbox.run(Mailbox.scala:220)
at akka.dispatch.ForkJoinExecutorConfigurator$AkkaForkJoinTask.exec(AbstractDispatcher.scala:393)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinTask.doExec(ForkJoinTask.java:260)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool$WorkQueue.runTask(ForkJoinPool.java:1339)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool.runWorker(ForkJoinPool.java:1979)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinWorkerThread.run(ForkJoinWorkerThread.java:107)
Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: Class is not registered: scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef
Note: To register this class use: kryo.register(scala.collection.mutable.WrappedArray$ofRef.class);
