Arhn - архитектура программирования

Как экспортировать пиксельные координаты точечных объектов из изображения (с помощью imagej?)

Я работаю над проектом, в котором меня интересует расстояние и распределение точечных объектов на изображении под микроскопом.

Таким образом, изображение состоит из более темных круглых маленьких точек на довольно сложном фоне. Было бы неплохо когда-нибудь сделать это с помощью скрипта извлечения признаков автоматически, но пока я просто выбираю точки вручную... Потому что я доверяю своим глазам :)

Я просмотрел пару разных программ, и пока мне нравится imagej, в котором есть функция выбора нескольких точек. Но после выбора точек вручную я так и не понял, как экспортировать координаты. Все, что мне нужно, это X и Y для каждой точки (примерно по сотне точек для каждого изображения).

Любые указатели?

Или, если у вас есть альтернативные идеи о том, как это сделать, предложите мне другую программу (matlab?), или даже укажите мне другие полезные материалы и т. д.

Спасибо огромное!


Ответы:


1

Хотя это не похоже на тот процесс, который вы ищете, в ImageJ написано что-то подобное для анализа «точечных пятен».

http://image.bio.methods.free.fr/dotblot.html

Он имеет ряд методов для определения точек, а также может экспортировать результаты в формате CSV. Сам код доступен внизу страницы выше, так что вы сможете работать с ним, если вы заинтересованы в автоматизации.

06.07.2010

2

ХОРОШО. С некоторой помощью я обнаружил, что могу сделать это с помощью всего лишь CTRL-M в изображенииj...

06.07.2010
Новые материалы

Коллекции публикаций по глубокому обучению
Последние пару месяцев я создавал коллекции последних академических публикаций по различным подполям глубокого обучения в моем блоге https://amundtveit.com - эта публикация дает обзор 25..

Представляем: Pepita
Фреймворк JavaScript с открытым исходным кодом Я знаю, что недостатка в фреймворках JavaScript нет. Но я просто не мог остановиться. Я хотел написать что-то сам, со своими собственными..

Советы по коду Laravel #2
1-) Найти // You can specify the columns you need // in when you use the find method on a model User::find(‘id’, [‘email’,’name’]); // You can increment or decrement // a field in..

Работа с временными рядами спутниковых изображений, часть 3 (аналитика данных)
Анализ временных рядов спутниковых изображений для данных наблюдений за большой Землей (arXiv) Автор: Рольф Симоэс , Жильберто Камара , Жильберто Кейрос , Фелипе Соуза , Педро Р. Андраде ,..

3 способа решить квадратное уравнение (3-й мой любимый) -
1. Методом факторизации — 2. Используя квадратичную формулу — 3. Заполнив квадрат — Давайте поймем это, решив это простое уравнение: Мы пытаемся сделать LHS,..

Создание VR-миров с A-Frame
Виртуальная реальность (и дополненная реальность) стали главными модными терминами в образовательных технологиях. С недорогими VR-гарнитурами, такими как Google Cardboard , и использованием..

Демистификация рекурсии
КОДЕКС Демистификация рекурсии Упрощенная концепция ошеломляющей О чем весь этот шум? Рекурсия, кажется, единственная тема, от которой у каждого начинающего студента-информатика..