Я использовал гистограммное выравнивание и адаптацию для стирания освещения с изображений в градациях серого, но после выравнивание гистограммы (я использовал библиотеку scikit image python) было хорошо, во время преобразования изображения в mahotas что-то пошло не так. У меня получилась картина total black. Как я могу это исправить?
- Исходное изображение:
- Выравнивание и адаптация гистограммы;
- Результат после конвертации махот.
код преобразования из scikit в mahotas:
binimg = np.array(img_adapteq, dtype=np.bool)
Исходный код:
import scipy
import numpy as np
import pymorph as pm
import mahotas as mh
from skimage import morphology
from skimage import io
from matplotlib import pyplot as plt
from skimage import data, img_as_float
from skimage import exposure
def plot_img_and_hist(img, axes, bins=256):
"""Plot an image along with its histogram and cumulative histogram.
"""
img = img_as_float(img)
ax_img, ax_hist = axes
ax_cdf = ax_hist.twinx()
# Display image
ax_img.imshow(img, cmap=plt.cm.gray)
ax_img.set_axis_off()
# Display histogram
ax_hist.hist(img.ravel(), bins=bins, histtype='step', color='black')
ax_hist.ticklabel_format(axis='y', style='scientific', scilimits=(0, 0))
ax_hist.set_xlabel('Pixel intensity')
ax_hist.set_xlim(0, 1)
ax_hist.set_yticks([])
# Display cumulative distribution
img_cdf, bins = exposure.cumulative_distribution(img, bins)
ax_cdf.plot(bins, img_cdf, 'r')
ax_cdf.set_yticks([])
return ax_img, ax_hist, ax_cdf
mhgray = mh.imread(path,0)
binimg = mhgray[:,:,0]
print(type(binimg[0][0]))
thresh = mh.otsu(binimg)
gray =( binimg< thresh)
shape = list(gray.shape)
w = 0
if (shape[0] > shape[1]):
shape = shape[0]
else:
shape = shape[1]
if (shape < 100):
w = int((shape/100 )*1.5)
elif(shape > 100 and shape <420):
w = int((shape/100 )*2.5)
else:
w = int((shape/100)*4)
disk7 = pm.sedisk(w)
img = binimg
# Contrast stretching
p2 = np.percentile(img, 2)
p98 = np.percentile(img, 98)
img_rescale = exposure.rescale_intensity(img, in_range=(p2, p98))
# Equalization
img_eq = exposure.equalize_hist(img)
# Adaptive Equalization
img_adapteq = exposure.equalize_adapthist(img, clip_limit=0.03)
# Display results
f, axes = plt.subplots(2, 4, figsize=(8, 4))
ax_img, ax_hist, ax_cdf = plot_img_and_hist(img, axes[:, 0])
ax_img.set_title('Low contrast image')
y_min, y_max = ax_hist.get_ylim()
ax_hist.set_ylabel('Number of pixels')
ax_hist.set_yticks(np.linspace(0, y_max, 5))
ax_img, ax_hist, ax_cdf = plot_img_and_hist(img_rescale, axes[:, 1])
ax_img.set_title('Contrast stretching')
ax_img, ax_hist, ax_cdf = plot_img_and_hist(img_eq, axes[:, 2])
ax_img.set_title('Histogram equalization')
ax_img, ax_hist, ax_cdf = plot_img_and_hist(img_adapteq, axes[:, 3])
ax_img.set_title('Adaptive equalization')
ax_cdf.set_ylabel('Fraction of total intensity')
ax_cdf.set_yticks(np.linspace(0, 1, 5))
# prevent overlap of y-axis labels
plt.subplots_adjust(wspace=0.4)
plt.show()
plt.gray()
plt.subplot(121)
plt.title("after histo")
plt.imshow(img_adapteq)
plt.show()
binimg = np.array(img_adapteq, dtype=np.bool)#uint16
plt.gray()
plt.subplot(121)
plt.title("after otsu")
plt.imshow(binimg)
plt.show()
imgbnbin = mh.morph.dilate(binimg, disk7)
#2
plt.gray()
plt.subplot(121)
plt.title("after dilate before close")
plt.imshow(imgbnbin)
plt.show()
imgbnbin = mh.morph.close(imgbnbin, disk7)
#2
plt.gray()
plt.subplot(121)
plt.title("before skeletonize")
plt.imshow(imgbnbin)
plt.show()
imgbnbin = mh.morph.close(imgbnbin, disk7)
out = morphology.skeletonize(imgbnbin>0)
In [7]: np.array(x, dtype=np.bool) Out[7]: array([ True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True, True], dtype=bool)
28.01.2014skimage.color.rgb2gray
, чтобы сначала преобразовать ваши данные в оттенки серого. Вы можете проверить, удалось ли вам это сделать, взглянув на параметр .shape изображения — оно должно быть двухмерным (не трехмерным). 28.01.2014